南京大学马克思主义理论学科拥有一级学科博士点和硕士点，设有博士后流动站，是江苏省重点学科。1978年，以胡福明为主要作者的《实践是检验真理的唯一标准》一文，在当时的思想解放运动中产生了历史性重大影响，成为改革开放的理论先声。南京大学秉持开放的研究视野，整合多学科的人才资源，在马克思主义社会理论，中国特色社会主义以及革命根据地史等方面形成了自己的研究特色。早在上世纪80年代，南京大学就建有马克思主义研究中心，历任主任有孙伯鍨、侯惠勤等知名学者，出版了《马克思主义哲学的历史与现状》等系列学术著作。与此同时，南京大学还建有全国第一个革命根据地研究所，在马洪武、王德宝等教授的带领下，出版了《华中抗日根据地史》等一批高质量的学术研究成果。

2005年2月，经教育部批准，南京大学成立了以张异宾教授为学科带头人的马克思主义社会理论研究中心，成为教育部直属高校人文社会科学重点研究基地。中心致力于马克思主义经典社会理论研究，当代中国马克思主义社会发展理论研究以及当代国外马克思主义社会批判理论研究。中心建有马克思主义经典文献数据库，产生了以《回到马克思》等为代表的一批高质量的学术成果，在国内外引起热烈反响，受到学界同仁的高度评价，并被译成德文在马克思的故乡出版。